Lorsque l'ammoniac (NH3) est dissout dans l'eau, certaines molécules d'ammoniac gagneront un ion d’hydrogène et cette espèce de charge positive sera appelée ammonium (NH4 +). Le rapport entre le NH3 et le NH4 + dépend du pH et de la température de l'eau. Plus le pH est bas plus chaude l'eau devient ; plus la concentration d'ammonium est élevée en raison de l'augmentation des ions H +.

L'ammoniac à de faibles concentrations est souvent inoffensif pour les humains, cependant, il est un irritant pour les yeux et le nez. Le goût et l'odeur de l'eau peuvent être affectés par la présence d'ammoniac.

L'ammoniac est toxique pour la vie aquatique et a été déclaré toxique à des niveaux aussi bas que 0,5 mg/L. Un taux élevé d'ammoniac dans les eaux naturelles peut entraîner un excès de croissance des algues, ce qui empêche les rayons solaires d'atteindre la vie aquatique et les plantes causant éventuellement la mort.

Dans l'eau potable, l'ammoniac doit être surveillé pour protéger la santé humaine. Il peut être présent après la désinfection à l'aide de monochloramines, ou en raison du lessivage des matériaux utilisés dans la construction des canalisations. On sait que le chlore réagit avec l'ammoniac et, par conséquent, on peut s'attendre à une diminution de l'efficacité de la désinfection si l'eau potable contient plus de 0,2 mg/L d'ammoniac.

Dans les eaux usées, l'ammoniac peut atteindre des niveaux élevés en raison de l'action bactérienne. La surveillance de l'ammoniac dans les stations d'épuration est cruciale avant la libération de l'effluent pour prévenir les dommages causés à la vie aquatique locale.

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